一、制定《辦法》的背景
　　上海、北京等地區(qū)試點以來，為解決國航、東航、南航等航空運輸企業(yè)營改增期間增值稅繳納問題，稅務(wù)總局和財政部以財稅字文件下發(fā)了《總分機(jī)構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》和《關(guān)于部分航空公司執(zhí)行總分機(jī)構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法的通知》，同時稅務(wù)總局還以公告的形式下發(fā)了稅收征管方面的《營業(yè)稅改征增值稅試點期間航空運輸企業(yè)增值稅征收管理暫行辦法》。上述三個文件互相配套，滿足了航空運輸企業(yè)總分機(jī)構(gòu)繳納增值稅的政策和征管需要。文件的核心內(nèi)容，是允許總機(jī)構(gòu)匯總計算企業(yè)集團(tuán)的應(yīng)交增值稅，抵減分支機(jī)構(gòu)已經(jīng)繳納的增值稅和營業(yè)稅后申報入庫。
　　2013年8月1日“營改增”試點在全國推行后，航空運輸企業(yè)在各地的分支機(jī)構(gòu)均納入了試點范圍，非試點地區(qū)分支機(jī)構(gòu)繳納營業(yè)稅等問題已不存在，原有的政策和征管文件均需要修訂后重新下發(fā)。此外，此次納入試點的地區(qū)中，還有海航、川航、山航等航空運輸企業(yè)也面臨總分機(jī)構(gòu)分離、需要匯總納稅的問題。
　　鑒于以上情況，11月1日，部局兩家聯(lián)合印發(fā)了《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于重新印發(fā)〈總分機(jī)構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法〉的通知》（財稅[2013]74號）和《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于部分航空運輸企業(yè)總分機(jī)構(gòu)增值稅計算繳納問題的通知》（財稅[2013]86號）。作為征管配套文件，《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈航空運輸企業(yè)增值稅征收管理暫行辦法〉的公告》應(yīng)進(jìn)行了相應(yīng)修訂。
　　二、《辦法》的適用范圍
　　本《辦法》適用于經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)，按照《總分機(jī)構(gòu)試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》計算繳納增值稅的航空運輸企業(yè)。
　　三、《辦法》的主要內(nèi)容
　　除了對航空運輸企業(yè)增值稅計算繳納問題進(jìn)行細(xì)化之外，《辦法》主要明確了總分機(jī)構(gòu)一般納稅人認(rèn)定、分支機(jī)構(gòu)稅款繳納情況如何傳遞、總分機(jī)構(gòu)納稅期限、年終清算辦法以及風(fēng)險防控等具體稅收征管問題。